Darüber hinaus führte Kenyon bei der Ausgrabung in Jericho eine neue Ausgrabungstechnik ein: das Wheeler-Box-Grid-System, auch als Wheeler-Kenyon-Methode bekannt. Hierbei werden nicht mehr wie sonst üblich ganze Gebäude und Mauern ohne Bezug zum umgebenden Boden freigelegt. Vielmehr werden die Grabungsflächen in mehreren Planquadraten, die durch gleich große Stege voneinander getrennt sind, angelegt und die Schichtenabfolge(sog. Stratigraphie) sorgfältig beobachtet und dokumentiert. Auf diese Weise erhielt Kenyon Einblick in die Prozesse der Siedlungsentwicklung und konnte Muster für den Bau, die Nutzung und die Aufgabe von Gebäuden identifizieren. Kenyon verfeinerte auch die Untersuchung der Keramik und betrachtete nicht nur vollständige Töpfe, wie es die meisten Ausgräber vor ihr getan hatten, sondern auch Keramikscherben, die in jeder Schicht gefunden wurden.

Ihre Methoden waren nicht unumstritten: sie waren so zeitaufwändig, dass sie nur kleine Flächen ausgraben konnte. Einige wiesen darauf hin, dass Kenyon in Jericho kein einziges vollständiges Haus ausgegraben habe. Ihr Fokus auf Tausende von Bodenschichten und Hunderttausende von kleinen Tonscherben hielt sie oft davon ab, das große Ganze zu sehen. Die Ausgrabungen in Jericho machten Kenyon dennoch weltberühmt. Sie grub später in Jerusalem aus, wurde Direktorin des St. Hugh's College in Oxford und neben zahlreichen weiteren Ehrungen zur Dame im Orden des britischen Empire ernannt.